استفاده از فناوری بادی جت در عین نوآوری و موثر بودن در بسیاری از کاربردهای زیبایی و درمانی، با معایبی همراه است. یکی از نگرانی های اصلی مناسب بودن آن برای انواع و شرایط پوستی است. افراد با پوست بسیار حساس، آکنه شدید یا سایر بیماری های پوستی ممکن است به دلیل فشار و شدت جریان آب، ناراحتی یا واکنش های نامطلوب را تجربه کنند. این حساسیت می تواند منجر به قرمزی، سوزش یا در موارد نادر، کبودی جزئی شود، به ویژه در مناطقی که پوست نازک تر یا ظریف تر است. اثربخشی این تکنیک نیز از فردی به فرد دیگر متفاوت است، در برخی از افراد پیشرفت های قابل توجهی نسبت به دیگران مشاهده می شود که می تواند منجر به نتایج ناهموار یا نارضایتی شود.

یکی دیگر از معایب، هزینه و در دسترس بودن درمان های بادی جت است. از آنجایی که یک فناوری نسبتاً پیشرفته و تخصصی است، به اندازه درمان‌های زیبایی سنتی در دسترس نیست و در نتیجه برای عموم مردم کمتر قابل دسترسی است. هزینه درمان ها نیز به دلیل تجهیزات تخصصی و تخصص مورد نیاز برای انجام ایمن و موثر این روش می تواند نسبتاً بالا باشد.

بادی جت در حال حاضر یکی از موثرترین روش ها برای حذف سلول های چربی ناخواسته در برخی از قسمت های بدن از طریق تکنولوژی لیپوساکشن می باشد.
با این که این روش خطرناک نیست همانند هر فرآیند لیپوساکشن دیگر، هنوز خطرات و عوارض بالقوه وجود دارد. اختلالات بعد از عمل مانند تورم، کبودی، سوزش، خونریزی و بی حسی موضعی از جمله عوارض این روش می باشند. همچنین احتمال بروز عفونت در نواحی برش زده شده در حین جراحی نیز وجود دارد. درحالی که میزان بروز عوارض در این روش به حداقل رسیده است، اما هنوز هم نتوانسته است عوارض جانبی را به طور کامل حذف نماید، برخی از موارد رایج عبارتند از: